咬合のスキャニングで上下顎模型を逆さまにスキャンしてそのまま保存していませんか？

マージンを引く前の段階に戻ってエキスパートモードに切替えます。
画面下にカーソルを表示し、アイコンに方向付けの項目があるのでスキャンデータの向きを変更してください。